Buriquioca deu origem ao nome Bertioga. Entre os índios, significa "morada dos grandes macacos".
A cidade começou com a construção do forte São João, batizado em 1531 como forte São Tiago, por Martim Afonso de Souza, donatário da capitania de São Vicente.
A fortificação, de madeira no início, servia para defender a entrada da barra contra ataques dos índios e franceses.
A doação da sesmaria de Bertioga a Jorge Pires ocorreu em 12 de janeiro de 1545. Em 1547 a paliçada de madeira foi trocada por muros de alvenaria, em pedra e cal. A povoação ocupava um trecho à beira-mar, defendido pelo morro da Senhorinha. No ano da reforma do forte um ataque indígena maciço, em mais de setenta canoas, foi rechaçado. No forte de Bertioga hospedaram-se os jesuítas Anchieta e Nóbrega. Ali também morou o armeiro alemão Hans Staden, autor da primeira obra importante sobre a vida dos índios no Brasil. Segundo Staden, o forte foi erguido por cinco irmãos mamelucos, filhos de Diogo Braga.
Em 1565 a esquadra comandada por Estácio de Sá partiu de Bertioga para fundar a cidade do Rio de Janeiro. O forte passou por outra reforma em 1699, adquirindo seu aspecto atual. Foi rebatizado em 1765, quando da reforma da capela, tornando-se o forte de São João.
Até 1945 o Exército usou suas instalações, para abrigar tropas. A última guarnição, do Batalhão de Caçadores de Caçapava, defendeu a região da ameaça alemã, na Segunda Guerra Mundial.
Os temidos submarinos do Eixo ameaçavam as embarcações brasileiras, tendo torpedeado navios cargueiros na costa de Ilhabela.
Depois da guerra o forte serviu de alojamento para a Polícia Militar Estadual. Transferido para a jurisdição do Ministério da Educação e Cultura, o forte foi incorporado ao Instituto Brasileiro de Patrimônio Cultural, tornando-se monumento e museu.
O museu João Ramalho esta aberto à visitação pública, e contém peças da época colonial. A Prefeitura e o Governo Federal assinaram um termo de cooperação, em 1994, para restaurar o forte e aparelhar o museu.
Nos séculos XVII e XVIII a caça à baleia intensificou-se em Bertioga, com a construção de uma armação de baleias, que extraía o óleo destinado à iluminação de São Vicente, Santos e São Paulo.
Emancipação
Distrito de Santos até 1991, Bertioga tornou-se independente por plebiscito popular em 19 de maio. No dia 30 de dezembro de 1991, foi criado o novo município, por lei estadual.
O primeiro prefeito, José Mauro Dedemo Orlandini, tomou posse em 1 de janeiro de 1993. Neste mesmo ano Bertioga tornou-se Estância Balneária, por decreto do então governador Luís Antônio Fleury Filho.
Os dias 19 de maio e 30 de dezembro são feriados municipais, para comemorar a emancipação e a criação do município, respectivamente.
Graças à rodovia BR-101 (Rio-Santos), Bertioga integrou-se ao Litoral Norte Paulista, que recebeu a cidade não como uma filha caçula - pois isso seria desrespeitar um rico passado colonial - e sim como a uma irmã que retornava após uma longa ausência.
