As ruínas em pedra e cal da Fazenda Bom Retiro estão localizadas próximo ao km 72, da Rodovia Rio-Santos, sentido serra. Construídas, segundo estudos recentes, provavelmente no início do século XIX, antes da abertura de subscrição pública - venda de ações, por um dos primeiros proprietários da Lagoinha, o engenheiro francês Stevenné, em 1828; são remanescentes de uma Ubatuba próspera, quando em seu porto eram negociados e exportados a produção valeparaibana, trazida pelos tropeiros pela estrada Ubatuba-São Luís do Paraitinga, e a ubatubana (aguardente, açúcar mascavo, milho, fumo...).

Nesse período, assim como Stevenné, muitos outros estrangeiros: os Vigneron Jussilendiere, Garroux, Bourget (Borgete ou Borges), Charleaux, Bruyer (Brié ou Brulher) etc., foram atraídos para a abastada vila da Exaltação da Santa Cruz do Salvador de Ubatuba.

As Ruínas do Antigo Engenho da Fazenda Bom Retiro da Lagoinha do Município de Ubatuba, foram tombadas pelo CONDEPHAAT - Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Arqueológico, Artístico e Turístico do Estado de São Paulo em 16 de dezembro de 1985, para sua proteção e valorização enquanto Patrimônio Histórico de suma importância para o Município. Foi classificado como engenho devido ao grande aqueduto existente e ao que restou das instalações de uma roda d'água.

O terreno onde se encontram as Ruínas foi doado pelo senhor Jamil Zantut e sua esposa Benedicta Corrêa Zantut à FUNDART em 19 de outubro de 1989.

O engenheiro francês João Agostinho Stevenné ou Stevenin, no início do século, proprietário, também, da Maranduba e Sapé, criou na Lagoinha um engenho de açúcar - uma grande fazenda modelo, escola para o ensino de novas técnicas para a fabricação de açúcar e introdução e propagação de carneiros merinós para a produção de carvão animal, através de abertura de processo de subscrição pública de ações (venda de ações). A fazenda modelo na Lagoinha entrou em decadência por volta de 1850 com a evolução das técnicas agrícolas. As datas de compra da propriedade por Stevenné, anterior à da abertura de ações, e de venda do Engenho da Lagoinha são desconhecidas e objetos de estudo pelo Departamento de Patrimônio, Biblioteca e Arquivo, da FUNDART.

Segundo relatos orais e recentes pesquisas, outro importante proprietário foi o Capitão Romualdo, já no final do século, possuidor de vasta cultura de café e cana de açúcar, fabricante e exportador de aguardente e açúcar mascavo. Seus escravos teriam ganhado a liberdade com a abolição da escravatura, mas sem terem para onde ir e por gratidão e amizade, permaneceram até o falecimento do fazendeiro.

O Capitão Romualdo ainda teria iniciado a construção da primeira fábrica de vidros no Brasil, para embalar a aguardente para exportação, fato não comprovado, nem mesmo pela existência de três colunas de sustentação, na entrada do condomínio Lagoinha, do lado da praia. Foram encontrados registros de batizados de escravos de Romualdo Antonio de Oliveira, na Lagoinha, de 1836 a 1883, juntamente com de membros da família Oliveira e família Prado.